3 июня 2026 года, в день кончины императрицы Марии Александровны, в Марие-Магдалининской обители почтили память высочайшей покровительницы монастыря. Императрица была известна широкой благотворительностью, просветительской деятельностью и безукоризненной христианской нравственностью. Под ее патронатом действовали десятки просветительских и миссионерских организаций, активно развивалась система женского образования.
Заупокойные богослужения в Покровском храме монастыря совершил настоятель Никольского храма станицы Роговской протоиерей Георгий Савва. На панихиде были вознесены прошения об упокоении "приснопамятной государыни императрицы Марии Александровны, попечение имевшей о святой обители сей".
Марие-Магдалининский монастырь связывали особые духовные отношения с императрицей Марией Александровной. В 1848 г. именно в честь небесной покровительницы будущей императрицы был назван первый женский монастырь на Кубани. Августейшая государыня неоднократно поддерживала духовно родственную ей казачью обитель щедрыми пожертвованиями. В 1857 г. в Санкт-Петербурге побывала казначея монастыря послушница Августа (Калачинская), которая, вероятно, смогла удостоиться аудиенции у императрицы. В знак благоволения Мария Александровна пожертвовала казачьей обители золотое напрестольное Евангелие и комплект богослужебных книг. А в 1859 г. отправила в обитель комплект богослужебных облачений.
Насельницы обители во главе с игуменьей Митрофанией (Золотаревской) не оставляли вниманием события в жизни августейшей покровительницы и всегда выражали свою поддержку. Когда в 1866 г. на ее супруга императора Александра II было совершено первое покушение, игуменья Митрофания написала государыне: «Женская обитель, в земле черноморских казаков основанная во имя тезоименитой Вашему Императорскому Величеству святой равноапостольной Марии Магдалины и осчастливенная всемилостивейшими вашими дарами-приношениями, вознося благодарственное Господу Богу моление за спасение 4 апреля драгоценнейшей жизни государя императора, августейшего супруга Вашего Императорского Величества, осмеливается поднести при сем Вашему Императорскому Величеству образ св[ятой] Марии Магдалины, сооруженный собственноручным изделием инокинь сей обители». Позднее в связи с рождением последнего российского императора Николая II сестры монастыря поздавляли императрицу и отправили икону тезоименитого покровителя новорожденного внука святителя Николая.
Память об императрице Марии Александровны бережно сохраняется в обители. В 2025 году по инициативе Марие-Магдалининского монастыря в рамках празднования 30-летия возрождения обители в Тимашевске состоялось открытие передвижной выставки Елисаветинско-Сергиевского просветительского общества «Императрица Мария Александровна – жизнь как подвиг христианского милосердия». В торжественной церемонии приняли участие митрополит Екатеринодарский и Кубанский Василий, глава Фонда «Елисаветинско-Сергиевское просветительское общество» Анна Громова и напстоятельница монастыря игумения Тавифа.