Главная святыня монастыря – Марие-Магдалининская икона Богородицы, написанная в память о явлении Царицы Небесной в обители в 1918 году.

Спустя два месяца после страдальческой кончины клирика обители священномученика Григория Никольского 25 сентября 1918 года в небе над Марие-Магдалининским монастырем монахиня Евпраксия увидела Богоматерь. Пречистая Дева была в архиерейской мантии, со свитком в руках, на котором было написано: «Никтоже притекаяй ко Мне посрамлен отходит». Рядом с Ней стояли покровители монастыря равноапостольная Мария Магдалина, архангел Михаил и великомученик Георгий Победоносец.

Весть о явлении Богоматери тут же разнеслась по окрестным станицам и по всей Кубани. На месте чудесного явления возле монастырского колодца стали совершаться молебны, и вплоть до закрытия обители каждый год в сентябре проходили особые торжества.

Когда в 1919 году управление Кубанской епархией перешло к Киевскому митрополиту Антонию (Храповицкому), одному из трех претендентов на патриарший престол, игуменья Прискилла обратилась за благословением написать икону в память о чуде. Благословение было получено, и сестры монастыря под руководством схимонахини Иоасафы (Некоз) изобразили со слов матушки Евпраксии бывшее ей видение.

В нижней части образа поместили надпись: «Сия святая икона сооружена с благословения Киевского митрополита Антония, старанием схимонахини Иоасафы и прочих сестер обители, согласно видения Царицы Небесной с собором святых над источником в Марии-Магдалинском монастыре болящей монахиней Евпраксией 1918 г., 12 сентября».

Промыслом Божиим было суждено сохранить эту удивительную святыню от поругания и уничтожения в годы безбожия. На Страстной седмице 1921-го Марие-Магдалининский монастырь закрыли, а монахинь принудительно выслали к родственникам или на принудительные работы. Но память о чуде и сама икона бережно сохранялись у благочестивых верующих. 

В 1990-е годы духовник возрожденной женской общины и настоятель Свято-Духова мужского монастыря города Тимашевска схиархимандрит Георгий (Савва) передал насельницам образ Богоматери.

Сегодня икона находится в Покровском храме монастыря в станице Роговской и доступна для поклонения всем гостям обители. Каждое последнее воскресенье месяца перед ней совершаются молебные пения.